Ιδρύθηκε το 1963 από την ένωση τον ομάδων ΑΕΚ και Ορφέας Κομοτηνής πρωτοεμφανίστηκε στις εθνικές κατηγορίες την περίοδο 1969-70, συμμετέχοντας στο τρίτο όμιλο ομάδων, παρέμεινε στην κατηγορία για πολλά χρόνια ακόμα και όταν η Β΄ Εθνική άρχισε να διεξάγεται με 2 ομίλους (1975-76). Μερικές περιόδους έπαιξε πρωταγωνιστικό ρόλο διεκδικώντας την άνοδο στην μεγάλη κατηγορία μέχρι της τελευταίες αγωνιστικές. Η ομάδα περνάει μια αρκετά δύσκολη περίοδο παραπαίοντας μεταξύ Δ΄ Εθνικής όπου και αγωνίστηκε για δέκα χρόνια ως το 1996 και τοπικών. Στην παρθενική του εμφάνιση στην Σούπερ Λίγκα ο Πανθρακικός καταφέρνει να κερδίσει σχετικά εύκολα την παραμονή του στην κατηγορία καταλαμβάνοντας την 11η θέση παρά της προβλέψεις που ήθελαν την ομάδα φαβορί για τον υποβιβασμό.
