Ιδρύθηκε στη Σμύρνη το 1890. Το ποδοσφαιρικό τμήμα ιδρύθηκε το 1895.Περίοδος 1946-59 μετά την κατοχή μια αξιόλογη φουρνιά ποδοσφαιριστών πλαισίωσαν το σωματείο και του χάρισαν επιτυχίες. Από το 1945 ως το 1959 που συστάθηκε η Α΄ Εθνική κατηγορία, ο Πανιώνιος συμμετείχε κανονικά στο πρωτάθλημα Αθηνών, το οποίο κατέκτησε το 1951. Κατά την δεκαετία του ’60 ο Πανιώνιος είναι η μία από τις τέσσερις αθηναϊκές ομάδες που συγκροτούν τις 16 της Α΄ Εθνικής κατηγορίας και η δεκαετία αυτή είναι από τις πιο πετυχημένες του συλλόγου. Η δεκαετία του ’70 ξεκινά με σημαντικές επιτυχίες και αποφέρει τον πρώτο σημαντικό ποδοσφαιρικό τίτλο στο σωματείο. Τη δεκαετία του ’80 συνεχίστηκε η φθίνουσα πορεία και σχεδόν κάθε χρόνο η ομάδα κινδύνευε με υποβιβασμό. Η δεκαετία του ’90 ξεκίνησε με τους καλύτερους οιωνούς. Το 2000, στις αρχές της νέας δεκαετίας το σωματείο αντιμετώπισε οικονομικά προβλήματα. Το 2001 μπήκε σε ειδικό οικονομικό καθεστώς. Αποκτά νέο σήμα και την επωνυμία «Νέος Πανιώνιος», την οποία διατήρησε ως το 2006. Από την περίοδο 2006-07 ως το Νοέμβριο του 2008 προπονητής ήταν ο παλιός Γερμανός διεθνής Έβαλντ Λίνεν, με τον οποίο ο Πανιώνιος ξέφυγε από το επίπεδο των μέτριων ομάδων και τερμάτισε δύο συνεχόμενες χρονιές στην 5η θέση. Το 2008-09 συμμετείχε στην τελευταία διοργάνωση του Κυπέλλου Ιντερτότο, όπου αποκλείστηκε στον 3ο γύρο από την ιταλική Νάπολι.